CellRanger 是一款由 10x Genomics 开发的生物信息学工具，用于处理和分析单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据。它通过将每个细胞的 mRNA 转录本转换为DNA 文库，并使用高通量测序技术进行测序，从而实现对大量单个细胞的转录组信息的获取。CellRanger 提供了一整套工具和流程，用于将原始 scRNA-seq 数据从测序仪中提取和处理，包括数据去噪、质量控制、细胞检测和聚类分析等。它还提供了可
视化工具，帮助研究人员对单细胞数据进行可视化分析和解释。CellRanger 的主要功能包括：
- 数据预处理：包括去除低质量细胞、去除环境污染和嵌合体等，以保证后续分析的准确性和可靠性。
- 基因表达计数：根据测序数据，将每个细胞中的基因表达量进行计数，得到基因表达矩阵。
- 细胞聚类和表达模式分析：使用聚类算法将细胞分组，并对每个细胞群体的表达模式进行分析，揭示细胞群体之间的相似性和差异性。
- 差异表达基因分析：对不同细胞群体之间的基因表达模式进行比较，找出在不同群体之间显著差异表达的基因。
- 数据可视化：提供丰富的可视化工具，在降维空间中展示细胞和基因的分布、聚类结果等，帮助研究人员理解和解释单细胞数据。CellRanger 广泛应用于生物医学研究领域，尤其是在癌症研究、免疫学、神经科学等领域中，为揭示细胞异质性和发现新的细胞亚群提供了强大的工具和平台。CellRanger 广泛应用于生物医学研究领域，尤其是在癌症研究、免疫学、神经科学等领域中，为揭示细胞异质性和发现新的细胞亚群提供了强大的工具和平台。