FreeBayes是一款开源的SNP calling软件，专注于使用贝叶斯推断方法来检测SNP（单核苷酸多态性）和Indels（插入和缺失），并具备一些高级功能，如群体SNP calling和样本混合的处理。它基于单倍型（haplotype）的模型，意味着它根据特定的目标上比对的读取序列的实际序列来调用变异，而不是基于它们的精确比对。FreeBayes能够检测小的多态性，包括MNPs（多核苷酸多态性）和复杂的事件（如复合插入和替代事件）。
项目简介：FreeBayes是一个开源的、基于Haplotype的基因组变异检测工具。该项目由Michael A. Felsenstein创建，并在GitHub上进行了维护和发展。
FreeBayes的GitHub页面提供了更多关于该软件的详细信息。