HISAT2是一款是由Daehwan Kim、Christopher Bennett和Steven Salzberg（Johns Hopkins University）等人开发的高效的基因组比对软件，专为高通量测序数据设计，用于比对大规模RNA序列数据到参考基因组。HISAT2是HISAT的升级版，引入了几个关键技术，如使用分层索引（hierarchical indexing）和全局Ferragina-Manzini (FM)索引结合多个局部FM索引，这些技术使得HISAT2能够以极高的速度和较低的内存消耗完成大规模数据集的比对任务。其优势主要包括：