¶ rMATS是什么？
可变剪接（Alternative splicing；又称“选择性剪接”）是一种在真核生物中非常普遍的基因表达方式，具体表现为一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA，从而在不同的时空环境和状态下形成不同的蛋白质，执行不同的生物学功能。常见的可变剪接软件包括rMATS，Asprofile以及miso等。本文主要介绍rMATS软件的使用，并对结果利用rmats2sashimiplot可视化。
rMATS是一个从RNA-Seq数据中检测差异选择性剪接事件的计算工具，根据RNA-Seq数据，rMATS可以自动检测和分析与所有主要类型的可变剪接模式相对应的可变剪接事件。rMATS可识别的可变剪切事件有5种:
- Skippedexon (SE) 外显子跳跃
- Alternative5' splice site (A5SS) 5’端可变剪切
- Alternative3' splice site (A3SS) 3’端可变剪切
- Mutuallyexclusive exons (MXE) 互斥可变外显子
- Retainedintron (RI) 内含子保留
